ZZDej ureja različne nadzore. 76. člen ZZDej tako določa, da se pri izvajalcih zdravstvene dejavnosti za zagotavljanje zakonitosti, strokovnosti, kakovosti in varnosti dela opravljajo naslednje vrste nadzora:

• notranji nadzor,
• strokovni nadzor s svetovanjem,
• upravni nadzor,
• sistemski nadzor,
• nadzor Zavoda za zdravstveno zavarovanje Slovenije nad izpolnjevanjem pogodb z izvajalci zdravstvene dejavnosti,
• inšpekcijski nadzor.

83. člen ZZDej določa, da ZZZS nadzira izpolnjevanje pogodb, ki jih je sklenil za opravljanje zdravstvene dejavnosti.

ZZVZZ v 77. členu določa, da Zavod izvaja nadzor nad izpolnjevanjem pogodb z izvajalci zdravstvenih storitev, nadzor nad izdajanjem in zaračunavanjem zdravil in medicinskih pripomočkov ter nad načini in postopki uresničevanja zdravstvenega zavarovanja v skladu s tem zakonom in statutom Zavoda.

Če pooblaščeni nadzorni zdravniki ali farmacevti Zavoda pri navedenih nadzorih ugotovijo strokovne ali druge napake pri delu izvajalcev zdravstvenih storitev ali nezakonitosti dela, mora Zavod o nepravilnostih v 15 dneh obvestiti ministrstvo, pristojno za zdravje, oziroma v primeru strokovnih napak pristojno zbornico.

Pri izvajanju nadzora s strani Zavoda nad uresničevanjem pogodb se ne uporabljajo določbe zakona, ki ureja splošni upravni postopek. Sam postopek in način izvajanja nadzora je urejen v vsakokrat veljavnem pravilniku, ki ga sprejme Zavod ob soglasju ministra za zdravje. 

Statut ZZZS ureja temeljna vprašanja delovanja ZZZS, pri čemer v 9. členu kot eno izmed dejavnosti ZZZS določa, da zagotavlja nadzor nad  uveljavljanjem pravic iz zdravstvenega zavarovanja.

Izvajanje nadzora ZZZS je podrobneje urejeno v naslednjih določbah Statuta ZZZS:

64. člen
Zavod v skladu z zakonom, ki ureja obvezno zdravstveno zavarovanje in zakonom, ki ureja dolgotrajno oskrbo izvaja:
1. nadzor nad uveljavljanjem pravic iz zdravstvenega zavarovanja;
2. nadzor nad pravilnostjo obračunavanja denarnih dajatev iz obveznega zdravstvenega zavarovanja in OZDO;
3. nadzor nad obračunavanjem zdravstvenih storitev;
4. nadzor nad uresničevanjem pogodb z izvajalci zdravstvenih storitev;
5. nadzor nad obračunavanjem, plačevanjem in izterjavo prispevkov;
6. nadzor nad pravilnostjo obračunavanja storitev v skladu z zakonom DO;
7. interni nadzor nad (finančnim) poslovanjem zavoda.

65. člen
Nadzor iz prejšnjega člena izvajajo pristojne službe zavoda oziroma območnih enot in pooblaščeni delavci zavoda po programu dela, ki ga izda generalni direktor zavoda.
Zavod lahko za izvajanje nadzora pooblasti tudi zunanje sodelavce in institucije. O vključitvi zunanjih strokovnih sodelavcev odloča generalni direktor zavoda.
Nadzor iz obveznega zdravstvenega zavarovanja se izvaja po pravilniku, ki ga izda generalni direktor zavoda v soglasju z ministrom, pristojnim za zdravje.
Nadzor iz OZDO se izvaja po pravilniku, ki ga izda generalni direktor zavoda v soglasju z ministrom, pristojnim za dolgotrajno oskrbo.

66. člen
Delavci, ki izvajajo nadzor, o svojih ugotovitvah pisno poročajo generalnemu direktorju, direktorjem območnih in področnih enot ter predlagajo ukrepe za odpravo ugotovljenih nepravilnosti.
Generalni direktor o rezultatih nadzora enkrat letno poroča upravnemu odboru. Z delom poročila, ki se nanaša na posamezno območno enoto, seznani tudi pristojne območne svete.

67. člen
(črtan)

68. člen
Poleg računovodskega kontroliranja podatkov, ki jih zagotavljajo službe zavoda, ima zavod organizirano notranje revidiranje poslovanja, ki deluje po načelih notranje revizijske stroke in je neposredno podrejeno in odgovorno generalnemu direktorju.